北京农学院前身为河北省通县农业学校，创建于1956年。1958年，河北省通县农业学校与北京市农业合作干部学校合并，更名为北京市农业学校。1965年，在北京市农业学校的基础上建立半农半读的北京农业劳动大学。1978年，经国务院批准更名为北京农学院。1983年学校获批学士学位授予单位。1984年学校与北京市农林科学院首次联合招收硕士研究生。2003年学校获批硕士学位授予单位。2015年，获批博士后科研工作站。2018年，获批北京市新增博士学位授予立项建设单位。