上海海关学院是海关总署唯一直属的全日制本科高等学校。前身为创建于1953年的上海海关学校；1980年5月，经国务院批准，升格为上海海关专科学校；1996年4月，原国家教委批准更名为上海海关高等专科学校；2007年3月，经教育部批准，设立上海海关学院，成为新设置的全日制普通高等学校。2018年5月，学校获批成为硕士学位授予单位，同时获批公共管理以及税务2个硕士专业学位授权点，办学层次实现跨越，同年海关管理专业成为世界海关组织PICARD标准认证专业。2019年，海关总署与上海市共建上海海关学院，同年，学校获批1个国家级一流本科专业建设点和1个省级一流本科专业建设点。2021年，学校获批国际商务、翻译硕士2个专业学位授权点。2022年，学校顺利纳入上海市博士授予单位培育建设名单以及上海市博士后流动站建设筹备单位名单。2023 年，学校“锻造国门卫士 创建中国特色一流海关本科教育的探索与实践”获得高等教育（本科）国家级教学成果奖二等奖，实现了办学历史上国家级奖项零的突破。2024 年，获批国家安全学一级学科硕士学位点和数字经济专业学位点。