内蒙古医科大学创建于1956年，是新中国在民族地区最早建立的高等医学院校之一，当时隶属于国家卫生部，1958年划归内蒙古自治区管理。前身为内蒙古医学院，2012年3月，经教育部批准，更名为内蒙古医科大学。2017年，成为内蒙古自治区人民政府、国家卫生计生委、教育部共建高校。2018年，经国务院学位委员会批准成为博士学位授予单位。