山东中医药大学原为山东中医学院，创建于1958年，是新中国早期建立的中医药高等学府之一。1978年被确定为全国重点建设的中医院校，1981年成为山东省重点高校，1986年获得博士学位授予点，1996年更名为山东中医药大学。2007年学校主体搬迁至扁鹊故里长清。学校是山东省人民政府和国家中医药管理局共建院校、省级文明校园、省高水平学科和高水平大学。