南京财经大学始建于1956年的粮食部南京粮食学校，是新中国自己创办的第一批粮食院校之一。1981年，在原南京粮食学校的基础上建立南京粮食经济学院。1993年，学校更名为南京经济学院。2003年，学校更名为南京财经大学，并成为硕士学位授予单位。2011年，江苏省人民政府与国家粮食局签约共建南京财经大学。2012年，学校获批服务国家特殊需求博士人才培养项目。2019年，国家粮食和物资储备局与江苏省人民政府签署战略合作协议，全力支持学校事业发展。2021年，学校获批江苏高水平大学建设高峰计划B类建设高校。2022年8月，学校成为博士学位授予单位。