2001年，学校获批黑龙江省首批高职院校， 校名为齐齐哈尔职业学院。2011年，经教育部批准升格为普通本科高校，更名为齐齐哈尔工程学院，成为齐齐哈尔市第一所市属本科大学。2019年，顺利通过国家本科教学工作合格评估。2024年，获批硕士学位授予立项建设单位。