学校办学历史可追溯至1958年创建的曲靖卫生学校。2006年，学校升格为曲靖医学高等专科学校。2010年通过教育部高职高专院校人才培养工作评估。2016年通过云南省高等职业院校教学评估（内部质量保证体系诊断与改进首批试点复核）。2022年获批成为省级“双高”建设单位。2023年，学校整体搬迁至马龙校区，新校区坐落于曲靖市马龙区通泉街道龙东路1号。2025年6月，经教育部批准以曲靖医学高等专科学校为基础设立曲靖健康医学院。学校是国家“卓越医生教育培养计划”改革试点高职高专院校、国家现代学徒制试点院校、“1+X”证书制度试点建设单位，教育部全国首批急救教育试点单位、首批健康学校建设单位、首批职业院校数字校园建设试点单位、云南省首批特色骨干高等职业院校。