云南中医药大学是云南省政府与国家中医药管理局共建高校，是最早开展民族医药人才培养的高校，是首开中医药高等教育海外办学先河的高校，也是云南省唯一的中医药本科院校。 云南中医药大学前身为云南中医学院，始建于1960年。1960年5月，云南中医学院在云南省中医学校的基础上创立，是全国第二批高等中医药本科院校，吴佩衡被任命为首任院长。1960年9月1日，云南省中医医院划归作为学校附属医院。1981年成为首批获得学士学位授予权的高等学校，1986年获硕士学位授予权，2000年获得招收学历教育外国留学生资格，2016年成为云南省人民政府与国家中医药管理局共建高校，2018年成为博士学位授予单位，同年更名为云南中医药大学，2025年获批推荐优秀应届本科毕业生免试攻读研究生资格。