南京医科大学康达学院创建于1999年，是由南京医科大学自主创办并经省教育厅批准的公有民办二级学院。2005年，经教育部批准设立为独立学院。2011年，南京医科大学和连云港市政府签署合作办学协议。2013年9月，南京医科大学康达学院正式从南京迁址连云港办学。2025年，南京医科大学与连云港市政府签订新一期校府合作协议，南京医科大学已将学院纳入校院一体化管理，并将着力打造校地合作高质量发展新典范。