1958年7月，为加快安徽建设，改变皖北地区人民群众缺医少药的局面，国家决定由原上海第二医学院（现上海交通大学医学院）以及安徽医学院（现安徽医科大学）援建创立蚌埠医学院。2023年11月，经教育部批准，学校更名为蚌埠医科大学。 学校是国家首批具有学士和硕士学位授予权单位，教育部硕士研究生推免高校，国家首批卓越医师教育培养计划试点高校，全国首批专科医师规范化培训基地，国家级大学生创新创业训练计划实施高校和国家级大学生校外实践教育基地；是安徽省博士学位授予立项建设单位，安徽省博士后岗位设置单位，陆军军医大学、暨南大学、安徽医科大学博士研究生联合培养单位。