石河子大学是国家“211工程”重点建设高校、国家西部大开发重点建设高校和省部共建高校，是“中西部高校基础能力建设工程”和“中西部高校综合实力提升工程”（一省一校）入选高校。2017年学校入选国家“双一流”（一流学科）建设高校，全国首批深化创新创业教育改革示范高校、第三批“全国高校实践育人创新创业基地”。2018年学校成为教育部与新疆生产建设兵团“部省合建”高校。2019年学校入选第二批“全国党建工作示范高校”培育创建单位。2021年学校荣获全国民族团结进步示范单位、首批全国高校毕业生就业能力培训基地。2022年，学校荣获全国党建工作示范高校，入选新一轮国家“双一流”建设高校。