新疆医科大学的前身新疆医学院，是国家“一五”计划156个重点项目之一。1954年7月，新疆医学院开工建设，在党中央关怀下，中央卫生部先后从北京、上海、山东、江苏、辽宁等15个省市抽调上百名教学、医疗、管理干部支援建设。1956年10月，新疆医学院开始招生。1998年6月，新疆医学院与新疆中医学院合并，成立新疆医科大学。2016年8月，新疆维吾尔自治区人民政府、原国家卫生计生委、教育部联合印发《关于共建新疆医科大学的意见》，学校正式成为部委省共建高校。